Tradycje Gimnazjum nr 2 w Nowym Sączu mają niemal sto lat. Szkoła oficjalnie rozpoczęła działalność w 1909 roku jako Szkoła Podstawowa nr 4. Nauczano w niej religii mojżeszowej, religii rzymsko - katolickiej, robót ręcznych, rysunków, pisania i liczenia. Rok później placówkę podzielono na 4-klasową szkołę męską im. Jana Kochanowskiego i 4-klasową szkołę żeńską im. Urszuli Kochanowskiej.

  W czasie I wojny światowej nauka odbywała się w wynajętych salkach, ponieważ wojsko zajęło budynek szkoły. Nauczycielki pracowały także jako sanitariuszki w szpitalu dla Legionistów.

  Pomimo burz dziejowych szkoła nie zaprzestała działalności. Aż do 1999 roku funkcjonowała w Nowym Sączu jako 8-klasowa Szkoła Podstawowa nr 4, kształcąc wiele pokoleń dzieci i młodzieży.

  W roku 1999 zlikwidowano Szkołę Podstawową nr 4 im. Urszuli Kochanowskiej.
Decyzją władz miasta utworzono Gimnazjum nr 2 im. Urszuli Kochanowskiej.

  Po 9 latach doświadczeń pedagogicznych i wychowawczych wszystkie podmioty życia szkoły wniosły o zmianę patrona.

  W dniu 11-02-2009 r. nastąpiła zmiana patrona szkoły na ks. Jana Twardowskiego.